Theo dự thảo nghị định về chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức Bộ Y tế đang được Bộ Tư pháp thẩm định, Bộ Y tế đề xuất giữ nguyên các Vụ, Cục và 2 đơn vị sự nghiệp là Viện Chiến lược và Chính sách y tế, Báo Sức khỏe và Đời sống, bỏ tổ chức Thanh tra Bộ (theo quy định tại Luật Thanh tra năm 2025).
Trong tờ trình của Bộ Y tế, Vụ Bảo hiểm y tế được Bộ Y tế đề xuất tổ chức lại thành Cục Bảo hiểm y tế; Trung tâm Thông tin Y tế quốc gia tổ chức lại thành Cục Công nghệ thông tin và Chuyển đổi số.
Lý giải việc này, tờ trình của Bộ Y tế cho biết Vụ Bảo hiểm y tế có chức năng tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Y tế quản lý Nhà nước về bảo hiểm y tế.
Bộ Y tế đề xuất giữ nguyên nhiều vụ, cục và thành lập 2 cục mới.
Vụ Bảo hiểm y tế được giao 9 nhóm nhiệm vụ chuyên ngành về bảo hiểm y tế và thêm một số nhiệm vụ mới được giao bổ sung như: xây dựng, sửa đổi, bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật, cơ chế, chính sách về lĩnh vực bảo hiểm y tế; xây dựng chiến lược, kế hoạch tổng thể phát triển bảo hiểm y tế; giải pháp tăng cường năng lực khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế cho y tế cơ sở…;
Các giải pháp nhằm bảo đảm cân đối quỹ bảo hiểm y tế và để thực hiện hiệu quả các nhiệm vụ này theo chỉ đạo của Bộ Chính trị, Ban Bí thư và các văn bản quy phạm pháp luật liên quan nhằm đảm bảo an sinh xã hội trong lĩnh vực y tế. Do vậy, theo Bộ Y tế việc tổ chức lại Vụ Bảo hiểm y tế thành Cục Bảo hiểm y tế là yêu cầu cần thiết.
Đối với, Trung tâm Thông tin Y tế quốc gia, theo Bộ Y tế, trước tháng 11/2022 là Cục Công nghệ thông tin - đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Y tế về công nghệ thông tin, chuyển đổi số lĩnh vực y tế.
Nhiệm vụ trước mắt và lâu dài của Bộ Y tế trong lĩnh vực công nghệ thông tin, chuyển đổi số y tế rất nặng nề. Hiện chức năng quản lý nhà nước trong lĩnh vực này được phân công cho Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo (Phòng Quản lý công nghệ thông tin); nhiệm vụ tổ chức triển khai thực hiện được phân công cho Trung tâm Thông tin Y tế quốc gia.
Quá trình tổ chức triển khai thực hiện gặp nhiều khó khăn, vướng mắc, chồng chéo. Do vậy, cần thiết tổ chức lại thành một đầu mối là Cục Công nghệ thông tin và Chuyển đổi số thuộc Bộ Y tế để thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn về quản lý nhà nước và hướng dẫn, tổ chức triển khai thực hiện công tác công nghệ thông tin, chuyển đổi số tại Bộ Y tế, ngành y tế.
Theo Bộ Y tế, việc thành lập 2 tổ chức cấp Cục (Cục Bảo hiểm y tế, Cục Công nghệ thông tin và Chuyển đổi số) như trên đáp ứng các tiêu chí tại Nghị định số 303/2025 ngày 19/11/2025 của Chính phủ.
Theo đó, 19 đơn vị thuộc Bộ Y tế theo dự thảo bao gồm: Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Pháp chế; Vụ Hợp tác quốc tế; Văn phòng Bộ; Cục Bảo hiểm y tế; Cục Công nghệ thông tin và Chuyển đổi số; Cục Quản lý khám, chữa bệnh; Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền; Cục Quản lý dược; Cục An toàn thực phẩm; Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế; Cục Khoa học công nghệ và đào tạo; Cục Dân số; Cục Phòng bệnh; Cục Bà mẹ và Trẻ em; Cục Bảo trợ xã hội; Viện Chiến lược và Chính sách y tế; Báo Sức khỏe và Đời sống.
Trong số các Vụ của Bộ Y tế, duy nhất Bộ Y tế đề xuất Vụ Kế hoạch - Tài chính có 3 phòng.
Các tổ chức Vụ, Cục giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; Viện Chiến lược và Chính sách y tế; Báo Sức khỏe và Đời sống là đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Y tế.
Bộ trưởng Bộ Y tế sẽ trình Thủ tướng Chính phủ ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập khác trực thuộc Bộ theo quy định.
Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các tổ chức, đơn vị thuộc Bộ Y tế.
